La notion d’espèce est fondamentale en biologie. Les espèces sont la première mesure de la biodiversité et l’unité de référence de nombreux concepts à travers le monde (Connell, 1978; Myers et al., 2000). La taxonomie primaire ou alpha-taxonomie (du grec ταξινομία taxis, rangement, et nomos, loi) est une science qui a pour objet de décrire les organismes vivants (ou ayant vécu) et de les regrouper en entités appelés taxons (familles, genres, espèces) afin de pouvoir les identifier, les nommer et enfin les classer. Ce classement implique de connaître les relations historiques qui existent entre les taxons, ce que s’attache à faire la classification systématique. Le terme taxonomie (ou taxinomie) fut inventé, par Augustin Pyrame de Candolle (1778-1841) pour définir la théorie des classifications, mais la
classification des êtres vivants avait déjà été initiée dès l’antiquité, entre autre par Aristote (4ème siècle avant JC), puis développée par Carolus Linnaeus, appelé par la suite Carl Von Linné (1707-1778). Cette discipline est en relation avec l’évolution des critères permettant la classification d’où la notion d’homologie. Ce terme, développé par Étienne Geoffroy Saint- Hilaire (1772-1844), désigne le lien évolutif entre deux caractères (longtemps anatomiques et depuis les 30 dernières années surtout moléculaires) observés chez deux espèces différentes lorsque ce caractère est hérité d’un ancêtre commun. On parle alors de caractères homologues. Ce concept a pris une importance considérable avec l’avènement du Darwinisme. Les théories de l’évolution prédisent qu’un groupe d’organismes similaires descendent d’un ancêtre commun d’où les fondements de la phylogénie introduite par Willi Hennig (1913-1976). La systématique phylogénétique (cladistique) est une méthode de classification taxonomique des organismes basée sur leur histoire évolutive (Hennig, 1950). La cladistique hiérarchise les caractères comparés. Les êtres vivants seront regroupés dans un même groupe (appelé taxon) uniquement lorsqu’ils partagent des caractères homologues (recherche d’une ascendance commune). La première représentation détaillée de l’évolution est le fait de Ernst Haeckel (1834-1919) qui le premier publia un arbre d’évolution en 1866 dans son ouvrage
‘Morphologie générale’ (Haeckel, 1866).