L’alimentation est le principal déterminant du microbiote intestinal. Ces dernières années beaucoup d’études se sont penchées sur son rôle dans la variation du microbiote intestinal. Cependant, la plupart des études qui lient le régime alimentaire et le microbiote intestinal sont axées sur les macronutriments comme les glucides, les graisses et les protéines, mais le rôle des micronutriments et des minéraux tel que le NaCl a été négligé à ce jour. Le sel est un minéral essentiel à la vie humaine et l’un des assaisonnements alimentaires les plus anciens et les plus omniprésents. Le salage est la méthode la plus ancienne de conservation des aliments. Cependant, une consommation élevée de sel a été associée à l’obésité, au syndrome métabolique, à l’hypertension artérielle, aux maladies cardiovasculaires, au cancer gastrique, aux maladies auto-immunes et à la mortalité toutes causes confondues. Plusieurs mécanismes sous-jacents, y compris le stress oxydatif, ont été étudiés. Mais la salinité dans l’intestin et l’altération possiblement associée de son microbiote, récemment identifiées comme un symbiote critique de la santé et de la maladie, n’ont pas encore été explorées chez l’homme. Ici, en testant 1334 prélèvements de selles, nous avons montré qu’une salinité élevée était associée à une diminution de la diversité globale et à l’émergence de populations microbiennes halophiles dans l’intestin. La salinité fécale était associée au régime alimentaire salé et à l’obésité, conformément aux données épidémiologiques. Aucun procaryote halophile n’a été cultivé en dessous d’un seuil de salinité fécale de 1,5 %. Au-delà de ce seuil, nous avons découvert une diversité inattendue de microbiote halophile humain dont la richesse était corrélée avec les concentrations de sel; 64 espèces
différentes ont été isolées, dont 21 nouvelles espèces et 43 espèces connues dans l’environnement mais non chez les humains. Trois procaryotes extrêmement halophiles ont été isolés, dont deux Archaea appartenant au genre Haloferax, avec une nouvelle espèce Haloferax massiliensis, et un nouveau genre bactérien, Halophilibacterium massiliense. La découverte d’une telle diversité de procaryotes halophiles chez l’homme est assez surprenante. En effet, les procaryotes halophiles sont décrits comme des micro-organismes vivants dans des environnements hypersalés tels que l’eau de mer. La composition microbienne de l’eau de mer est principalement dominée par des bactéries halophiles. En effet plus de la moitié d’entre elles sont halophiles, qui ne sont qu’occasionnellement pathogènes pour l’homme. C’est l’une des raisons pour lesquelles, dans la littérature, il existe peu de preuves que les infections peuvent être contractées directement par l’eau de mer. Néanmoins, cela contraste avec le nombre de mesures de la qualité de l’eau organisées pour prévenir le risque d’infection humaine. Il nous a paru intéressant de vérifier au laboratoire si les bactéries pathogènes humaines étaient susceptibles de se développer dans l’eau de mer. En conclusion, nous avons démontré que la plupart des bactéries citées en microbiologie clinique n’ont pas survécu longtemps dans les eaux marines en raison de nombreux facteurs, y compris la salinité. Les maladies marines sont dominées par les infections à Vibrio et Shewenalla. Nous avons estimé que les dépenses considérables consacrées à la prévention des infections marines ne sont pas fondées sur des données probantes. D’autres études sont nécessaires pour réévaluer le risque infectieux associé à l’eau de mer afin de réadapter les politiques de surveillance des eaux marines.